1556:

 El emperador Carlos abdica de la Corona imperial y se retira al monasterio de Yuste (Cáceres).

Carlos I legaba a su hijo un imperio dividido entre protestantes y católicos, unos príncipes alemanes que querían regir sus propios destinos políticos y un aumento del sentimiento nacionalista en muchos lugares del Imperio.
Felipe II tenía una idea muy parecida que la de su padre respecto al imperio, ya que quería fortalecer el catolicismo y engrandecer el poderío hispánico.
Interiormente realizó una política de intransigencia, que causó varias tensiones entre el monarca y los poderes de las entidades forales. Estaban descontentos por el injusto, según ellos, reparto de las cargas fiscales y de una Corona cada vez más autoritaria.
Como defensor de la fe lideró la reacción contra varios factores de desestabilización del imperio: la creciente rebelión calvinista en Europa, la sublevación de los Países Bajos y la acometida del Islam. El avance de los otomanos provocaron la formación de la Liga Santa, apoyada por el Vaticano, que luchó contra los turcos en la batalla de Lepanto.